Die Kirche von Niederhelfenschwil wird im Jahre 903 erstmals genannt.

 Aus dem Jahr 1586 gibt es Akten, wonach an der Kirche Renovationsarbeiten durchgeführt wurden. Ob es der Bau von 903 war, weiss man nicht. Der damalige Turm war spitzhelmig und unter dem Chor gab es eine Krypta, die etwa 100 Personen Platz bot. Diese war dem hl. Rupertus geweiht und wurde von vielen Pilgern besucht.

In den siebziger Jahren des 18. Jahrhunderts war die Kirche baufällig geworden, so dass man sich nach langem Hin und Her für einen Neubau entschloss. Br. Paul Wuocherer aus dem Kloster St. Gallen führte die Bauleitung. Er soll auch die Pläne verfertigt haben. Kurz vorher hatte er die Klosterkirche Glattburg gebaut (1782) - deshalb die vielen Ähnlichkeiten dieser beiden Kirchen. Der Baugrund erwies sich als ausserordentlich schlecht. Für die Fundamente wurden mehr Steine benötigt als für den ganzen Oberbau. Dies verursachte solche Mehrkosten, dass die Gemeinde gezwungen war, beim äbtischen Hof in Wil eine ausserordentliche Anleihe aufzunehmen. Als Steinmaterial diente Tuff, der im „Kretzenmoos“ durch Sprengung des "Otmarsteins" abgebaut wurde.

Für die Ausstattung der Kirche berief man den Maler Josef Anton Pullacher aus Telfs im Tirol, der damals in der fürstäbtlichen Residenz, der Neuen Pfalz in St. Gallen, den Thronsaal in illusionistischer Weise ausmalte. Seiner Hand verdanken wir auch die Ausmalung der Zimmer im Wasserschloss Hagenwil (TG) sowie das Deckenbild im Chor der Kirche von Niederglatt (SG). Pullacher hatte sämtliche Malerei in der Kirche, auch alle "Verzierungen, die sonst in Stukador sollten angebracht werden" zu verfertigen.

Altäre und Kanzel führte der Bildhauer Johannes Wirthensohn aus, den Br. Paul ebenfalls beim Bau der Glattburger Klosterkirche kennen gelernt hatte. Statuen und Schnitzwerk verfertigte Wirthensohn in seiner Frauenfelder Werkstatt, während die Gesellen Andreas Ehrat und Josef Jäger die Schreinerarbeiten nach dem Riss des Bildhauers in der Kirche selbst ausführten. Den fertigen Aufbauten und Figuren verliehen dann Joseph Anton Bobleter aus Feldkirch und Ignaz Klainer aus Neu-Ravensburg die farbige Fassung. Der Bau war 1787 fertig gestellt.

Ein Orgelwerk wurde 1797 aus dem Kloster Notkersegg (St. Gallen) angeschafft. Seine Reparatur kostete fast das Doppelte des Kaufpreises. Erst 1804 vollzog Weihbischof Ferdinand von Konstanz die Kirchweihe, fast zwei Jahrzehnte nach der Fertigstellung des Bauwerks. 1807 wurden, offensichtlich aus der Liquidationsmasse des Klosters Mehrerau, zwei Glocken gekauft und von Glockengiesser Rosenlächer in Konstanz zu einer einzigen umgegossen.

Die Renovation von 1887 veränderte zwar die Farbstimmung des Kirchenraumes, liess aber die Substanz unangetastet, so dass die Innenrestauration von 1942 den alten Bestand fast lückenlos wiederherstellen konnte.

1966/67 erfolgte eine Aussenrestauration. Der neue Verputz erhielt die Struktur des allzu schadhaften alten, der wohl noch der originale gewesen war.

Anstelle des verlorenen Rupertus-Bildes über der Empore, welches Pullacher gemalt hatte, liess die Kirchgemeinde 1977 durch Karl Manninger das Deckengemälde "Die Taufe Konstantins" anbringen. Es ist die Nachbildung des 1785 von Dionys Roman Weiss in der Kirche Vorderburg im Allgäu gemalten Werkes. Weiss war ein Sohn von Franz Anton Weiss aus Rettenberg, welcher die Klosterkirche Glattburg ausgemalt hatte. Glattburg war das direkte Vorbild für die Niederhelfenschwiler Kirche. Thematisch passt das Taufthema zum Kirchenpatron Johannes Baptist.

1987 erfolgte die Errichtung der neuen Orgel in einem stilistisch dem Kirchenraum angepassten Gehäuse.

Instrument und Gehäuseentwurf: Späth, Rapperswil 

Schnitzereien: Josef Schibig, Steinen

Ausführung des Gehäuses: Clemens Scherrer, Niederhelfenschwil  

Fassung: Erhard Ressel, Fischingen

Im Rahmen der Gesamtrenovation von 2002 wurden die vordersten Bankreihen entfernt, so dass mehr liturgische Gestaltungsfreiheit gegeben ist.